org.Hs.eg.db包载入失败是为什么?

一、org.Hs.eg.db包载入失败的原因

1、包未安装

在使用 org.Hs.eg.db 包之前，需要确保已将其正确安装到本地计算机。可以通过 Bioconductor 官网提供的命令行方式或者在 R 语言环境下的命令来完成安装操作。

解决方法：确认 org.Hs.eg.db 包已经正确安装，并通过 sessionInfo() 函数查看其所依赖的其他包是否正确安装。

2、依赖包未安装

在安装 org.Hs.eg.db 之前，需要保证该包所依赖的其他 R 包同样被安装至本地计算机。

解决方法：如果缺少某个依赖包，可以使用 install.packages() 函数安装缺失的包。

3、包版本不兼容

在某些情况下，org.Hs.eg.db 包的版本可能与其他相关的 R 包存在兼容性问题。此时需要升级或降级 org.Hs.eg.db 包以解决兼容性问题。

解决方法：如果出现兼容性问题，可以尝试使用 BiocManager::install() 函数安装或更新 org.Hs.eg.db 包。

4、路径问题

路径问题是比较常见的导致包载入失败的原因之一。在载入 org.Hs.eg.db 包之前，需要确认路径是否正确，并且当前用户是否具有访问该路径的权限。

解决方法：确认路径是否正确，并授予当前用户访问该路径的权限。

二、org.Hs.eg.db包简介

1、安装载入

if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}
suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

2、查看该包所有的对象

ls("package:org.Hs.eg.db")

功能：可以用来进行基因ID的转换

org.Hs.egACCNUM：将 Entrez Gene ID 映射到 GenBank 序列访问号org.Hs.egALIAS2EG：将基因符号映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.eg.db：Bioconductor注释数据包org.Hs.egCHR：将 Entrez Gene ID 映射到染色体编号org.Hs.egCHRLENGTHS：包含了每条染色体长度的命名向量org.Hs.egCHRLOC：将 Entrez Gene ID 映射到染色体位置org.Hs.egENSEMBL：将 Ensembl 基因访问号映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.egENSEMBLPROT：将 Ensembl 蛋白质访问号映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.egENSEMBLTRANS：将 Ensembl 转录本访问号映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.egENZYME：将 Entrez Gene ID 映射到酶名分类号org.Hs.egGENENAME：将 Entrez Gene ID 映射到基因名称org.Hs.egGO：将 Entrez Gene ID 映射到Gene Ontology IDorg.Hs.egMAP：将 Entrez Gene ID 映射到细胞遗传学图谱的区段位置org.Hs.egMAPCOUNTS Number of：在 org.Hs.eg.db 包中的已映射键数org.Hs.egOMIM：将 Entrez Gene ID 映射到人类遗传疾病 MIM IDorg.Hs.egORGANISM：org.Hs.eg 数据库对应的生物种类为人类org.Hs.egPATH：将 Entrez Gene ID 映射到 KEGG 通路 IDorg.Hs.egPFAM：将基因访问号映射到 PFAM IDorg.Hs.egPMID：将 Entrez Gene ID 映射到 PubMed 文献 IDorg.Hs.egPROSITE：将基因访问号映射到 PROSITE IDorg.Hs.egREFSEQ：将 Entrez Gene ID 映射到 RefSeq 序列访问号org.Hs.egSYMBOL：将 Entrez Gene ID 映射到基因符号org.Hs.egUNIGENE：将 Entrez Gene ID 映射到 UniGene 群集访问号org.Hs.egUNIPROT：将 Uniprot 访问号映射到 Entrez Gene IDorg.Hs.eg_dbconn：收集有关包注释数据库的信息

3、示例

用mget函数：

myEIDs <- c("1", "10", "100", "1000", "37690")mySymbols <- mget(myEIDs, org.Hs.egSYMBOL, ifnotfound=NA)  #myEID是自己的ID，org.Hs.egSYMBOL是其中的一个对象mySymbols <- unlist(mySymbols)

用select函数：

myEIDs <- c("ENSG00000130720", "ENSG00000103257", "ENSG00000156414")cols <- c("SYMBOL", "GENENAME")select(org.Hs.eg.db, keys=myEIDs, columns=cols, keytype="ENSEMBL")  #生成数据框

延伸阅读1：数据分析常用R包

dplyr包ggplot2包stringr包data.table包tidyr包caret包cluster包和factoextra包arules包和arulesViz包